O Instituto de Biociências da UFMT foi criado por ocasião da reforma administrativa ocorrida em 1992 pelo desmembramento do Departamento de Biologia do antigo Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS) e oferece 02 cursos de graduação: Ciências Biológicas/Licenciatura e Ciências Biológicas/Bacharelado.
Em 1993 foi criado no IB o primeiro curso de pós-graduação, stricto sensu, nível mestrado e doutorado, o Curso de Pós-Graduação em Ecologia e Conservação da Biodiversidade. No ano de 2013 foi criado o Programa de Pós-Graduação, stricto sensu, Mestrado Acadêmico em Zoologia. Em 2014 foi criado o Programa de Pós-Graduação, stricto sensu, nível de doutorado, em Biotecnologia e Biodiversidade no âmbito da Rede Pro-Centro Oeste. Em 2017 foi inserida mais uma unidade administrativa no IB, a Coordenação do Programa de Pós-Graduação do Mestrado Profissional em Ensino de Biologia em Rede Nacional – PROFBIO. Recentemente foi criado o programa de pós-graduação stricto sensu, nível de Mestrado Acadêmico, em Biologia Vegetal.
Ao longo dos seus quase 35 anos, estiveram à frente do Instituto de Biociências cinco dirigentes eleitos. Em 1992 o Instituto foi dirigido interinamente pelo Prof. Germano Guarim Neto, que conduziu o Instituto até a posse do primeiro diretor eleito, o Prof. Francisco de Arruda Machado, que dirigiu o IB de 1993 a 1996. O segundo Diretor foi o Prof. Edson Conceição de Campos Moraes, que esteve à frente do IB em duas gestões, a de 1997–2000 e a de 2001–2004. O terceiro Diretor foi o Prof. Lúrnio Antônio Dias Ferreira, que conduziu o IB de 2005 a 2008. O quarto dirigente, eleito para a gestão 2009–2012, foi a Profª. Edna Lopes Hardoim, primeira professora a assumir o cargo de Direção no Instituto. O quinto Diretor do IB foi o Prof. Marcos André de Carvalho, eleito para a gestão 2013–2016 e reeleito para a gestão 2017–2020. O atual Diretor é o Prof. Paulo César Vênere, eleito para a gestão 2021–2025 e reeleito para a gestão 2025–2029.
Possui em sua estrutura o Departamento de Biologia e Zoologia, o Departamento de Botânica e Ecologia, a Coordenação de Ensino de Graduação em Ciências Biológicas/Bacharelado, a Coordenação de Ensino de Graduação em Ciências Biológicas/Licenciatura, a Coordenação do Programa de Pós-Graduação em Biologia Vegetal, a Coordenação do Programa de Pós-Graduação em Zoologia, a Coordenação do Mestrado PROFBIO, a Coordenação do Programa de Pós-Graduação em Ecologia e Conservação da Biodiversidade e também o Herbário Central da UFMT.